Le petit Vatican
Le mystère plane dans les couloirs. Les catacombes comptent pas moins de 4 étages et certaines sont situées à 20 mètres de profondeur. Parmi les différentes sections, la plus intéressante est « la zone des papes », aussi surnommée « le petit Vatican ». La crypte des papes de Saint-Calixte est considérée comme la plus belle des catacombes et les inscriptions murales d'origine y sont toujours visibles. La crypte de Sainte-Cécile est un exemple intéressant. Sainte-Cécile, patronne des musiciens, a été enterrée dans ce lieu pendant 5 siècles. Elle mourut en martyr aux alentours de l'an 230 et l'emplacement de son corps est demeuré inconnu pendant une longue période. Son tombeau a été redécouvert en même temps que les catacombes de Saint-Calixte en l'an 820. Le pape Pascal Ier a ordonné la construction d'une église à l'emplacement où elle est décédée, et y a transféré son corps. La basilique de Sainte-Cécile peut toujours être admirée dans le charmant quartier de Trastevere.
Symbolisme métro
Les couloirs et les salles des catacombes sont richement décorés de symboles chrétiens. Les chrétiens de l’époque qui se voyaient refuser le droit de pratiquer ouvertement leur religion, peignaient et sculptaient des symboles pour exprimer leur foi. Les plus connus sont le monogramme du Christ, le poisson et le Bon Pasteur. Le monogramme du Christ se compose des caractères grecs X et P, les deux premières lettres du mot grec signifiant « Christ ». Si elles sont gravées sur une tombe, cela signifie qu'un chrétien y est enterré.